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Na antiguidade tardia, Tongobriga foi certamente afectada pelas perturbações que, então, se fizeram sentir no Império. A vida cívica, comercial e cultural de que esta cidade era o lugar central, foi diminuindo. Como em muitos outros locais do Império dão-se transformações, não só na paisagem urbana, mas principalmente no papel e nas funções da urbe, tanto mais que o centro da  povoação terá deixado de ser o forum, transferindo-se para o seio da zona habitacional, provavelmente para junto de uma igreja então ali construída. Tongobriga foi sede de paróquia sueva.
Desde então, a documentação é escassa e nela não se encontra o topónimo Tongobriga. Em época medieval já o topónimo " freixo " aparece em alguma documentação. Deste período só se conhecem as sepulturas cavadas nos afloramentos graníticos que envolvem a actual igreja, sob a qual está a basílica paleo-cristã.
Ao longo dos séculos, espólios e pedras dos edifícios de Tongobriga seguiram outros destinos e outros aproveitamentos. As casas, o oratório cristão e os muros acolheram a pedra retirada das ruínas romanas. Mas ainda em 1786 se faziam aqui feiras periódicas, salientando-se a da Quaresma, na qual preponderavam os " judeus de Bragança ". Esta memória é ainda mantida pelos sinais das arruinadas lojas da Rua dos Judeus, no centro da aldeia.