Na antiguidade tardia, Tongobriga foi
certamente afectada pelas perturbações que, então, se
fizeram sentir no Império. A vida cívica,
comercial e cultural de
que esta cidade era o lugar central, foi diminuindo.
Como em muitos outros locais do Império dão-se
transformações, não só na paisagem urbana, mas
principalmente no papel e nas funções da urbe, tanto
mais que o centro da povoação terá deixado de ser o
forum, transferindo-se para o seio da zona
habitacional, provavelmente para junto de uma igreja
então ali construída. Tongobriga foi sede de paróquia
sueva.
Desde então, a documentação é escassa e nela
não se encontra o topónimo Tongobriga. Em época medieval
já o topónimo " freixo "
aparece em alguma
documentação. Deste período só se conhecem as sepulturas
cavadas nos afloramentos graníticos que envolvem a
actual igreja, sob a qual está a basílica paleo-cristã.
Ao longo dos séculos, espólios e pedras dos
edifícios de Tongobriga seguiram outros destinos e
outros aproveitamentos. As casas, o
oratório cristão e os
muros acolheram a pedra retirada das ruínas romanas. Mas
ainda em 1786 se faziam aqui feiras periódicas,
salientando-se a da Quaresma, na qual preponderavam os "
judeus de Bragança ". Esta memória é ainda mantida pelos
sinais das arruinadas lojas da Rua dos Judeus, no centro
da aldeia.